I følge vannforskriften skal det være regionale overvåkingsprogrammer som gir en helhetlig overvåking av tilstanden i elver og innsjøer. I Vannområde Leira-Nitelva har det foregått overvåking i lang tid, først i kommunal regi, så i regi av vannområdet. Denne overvåkingen er et hjelpemiddel for å kontrollere om vannet oppnår ønsket kvalitet.
Sommeren/høsten 2016 ble overvåkingsprogrammet til vannområdet gjennomgått i forbindelse med at kontrakten med Rambøll gikk ut ved årsskiftet 2016/2017. Det ble gjort en vurdering av alle stasjonene og hvor hyppig det ble tatt prøver per stasjon. Det ble også vurdert om noen stasjoner skulle ut eller inn i overvåkingsprogrammet. Gjennomgangen endte med en anbudskonkurranse hvor Norconsult fikk oppdraget med vannovervåking i vannområdet i 2017 og 2018 med mulighet for to år ekstra.
Totalt er det 21 prøvestasjoner – 17 tilknyttet Leira og fire tilknyttet Nitelva. I tillegg overvåker NRA tre stasjoner i Nitelva. Det vanligste er at prøvestasjonene prøvetas en gang i måneden, men ved Borgen bro tas det prøver to ganger i måneden, og tre stasjoner prøvetas 6-8 ganger i året. De tre stasjonene som overvåkes av NRA har en hyppigere prøvetagning, og prøvetas hver uke.
Ved en prøvetagning blir det tatt en vannprøve som sendes inn til et laboratorium for analyser. I tillegg til å ta vannprøven vurderer konsulenten vannfarge og omgivelsene og varsler tilbake hvis noe skulle virke unormalt, for eksempel ved en oljelekkasje.
Laboratoriet analyserer ulike parametere som fosfor, nitrogen, hvor mye partikler det er i vannet og e.coli-bakterier.
Alle resultatene blir sammenstilt av konsulentfirmaet og kommer i en årlig rapport.